张文宏：宏基因组使感染科飞速发展，从新冠开始进入新的时代

近年来在感染领域备受关注的宏基因组技术是否彻底改变了该领域？复旦大学附属华山医院感染科主任张文宏认为，改变或者未改变事实上需要一次考验，“当考验来了以后，我们就知道是不是改变，我认为至少在这次新冠来临中改变了。”

8月22日下午，在上海举行的华大基因感染分子诊断高峰论坛上，张文宏分享了宏基因组检测技术在整个大感染科中的应用。基于宏基因组学测序（mNGS）的病原学诊断技术是一种非靶向的广谱病原学筛查技术，其不依赖于传统的微生物培养，直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，能够快速、客观地检测临床样本中的较多病原微生物，包括病毒、细菌、真菌、寄生虫。

张文宏在现场以此次新冠疫情为例，宏基因组测序利用其技术优势，数天内快速鉴定并分析出新冠病毒的基因组，中国团队也在1月11日率先向全球公布了新冠病毒基因组序列。与之对比的是，2003年SARS的鉴定耗时5个多月、2013年H7N9的鉴定也耗时1个多月。“有谁说这个时间还不够快，应该更快一点，我倒是要问在世界上任何一次对新发传染病的识别有没有比这次更快的？事实上没有。”

张文宏表示，“相信这一次从疾病的预警到确认都跟二代测序的应用有关，所以新技术的应用和诞生对整个领域的进展是非常重要的一件事情。”

张文宏团队在现场也提到其团队用宏基因组技术确诊不明原因感染性疾病方面的多个案例。其中提到一名曾经到过非洲的患者感染了非洲锥虫病，该患者在长达6个月的时间里未得到确诊，耗费近百万。“来的时候奄奄一息，当时第一个技术启动了抗体检测，第二个技术启动了二代测序检测，在48小时的时候拿到测序数据，最终在72小时内我们从日内瓦找到药，最终病人治愈。”

张文宏认为，这再次证明宏基因组技术诊断寄生虫疾病也是非常好的。“这样一个病例就成为在世界上第一例非洲锥虫病可以用基因组学诊断的病例，所以我认为我们要解决临床的问题，这是医生和临床微生物学要做到的非常重要的问题。”

张文宏在现场提及，“尽一切能力找到病源学的依据，这个应该成为我们感染科将来新一代发展的主要方向。”

不过他同时提醒，宏基因组技术并不是一个唯一的解。“事实上我要提醒大家，NGS的功能强大，但是不能所有的感染性疾病都要第一时间拿过来用，除非它是白菜价，如果人家不是白菜价，我建议大家要节约病人的医疗资源。”

张文宏表示，传统的临床微生物是根本，坚决不能丢掉，需在这个基础上再去考虑其他的分子诊断等方法，“应该是一个多种办法的联合诊断，我们最惧怕的是人家给你介绍一样东西，我们就都盯着这个东西，把最根本的最原始的东西给放弃掉了。”

他在最后总结道，“从新冠开始，我们进入一个新的时代，这个时代就是一个精准治疗的时代，中国今天的新冠防治也是一个精准防治，所以在未来的感染科，我相信在临床微生物基础上的精准治疗将是我们未来发展的方向。”